สถาบันการพัฒนาชุมชน แบ่งโครงสร้างการทำงานออกเป็น 6 กลุ่ม 1 ฝ่าย และ 11 ศูนย์ศึกษาและพัฒนาชุมชน และมีความรับผิดชอบ ดังนี้
1. ฝ่ายอำนวยการ
มีหน้าที่ความรับผิดชอบเกี่ยวกับการบริหารจัดการงานทั่วไป งานสารบรรณ งานการเงินและบัญชี งานการเจ้าหน้าที่ งานการพัสดุ งานอาคารสถานที่และยานพาหนะ จัดทำและประสานแผนบริหารงบประมาณ วางแผนและบริหารจัดการใช้จ่ายงบประมาณ งานประชาสัมพันธ์ และปฏิบัติงานอื่นๆที่เกี่ยวข้องตามที่ได้รับมอบหมาย
2. กลุ่มงานยุทธศาสตร์การพัฒนาทรัพยากรบุคคล
มีหน้าที่ความรับผิดชอบเกี่ยวกับงานระบบข้อมูลสารสนเทศการพัฒนาทรัพยากรบุคคล งานยุทธศาสตร์การพัฒนาทรัพยากรบุคคล และงบประมาณ งานการเรียนรู้ตามแผนพัฒนารายบุคคล (Individual Development Plan: IDP) งานการลาศึกษาต่อและทุนการศึกษา งานประสานศูนย์ศึกษาและพัฒนาชุมชน งานลูกค้าสัมพันธ์ และปฏิบัติงานอื่นๆ ที่เกี่ยวข้องตามที่ได้รับมอบหมาย
3. กลุ่มงานส่งเสริมมาตรฐานการพัฒนาทรัพยากรบุคคล
มีหน้าที่ความรับผิดชอบ เกี่ยวกับ งานพัฒนาและส่งเสริมมาตรฐานการพัฒนาทรัพยากรบุคคล งานวัดผลการฝึกอบรม งานรับรองหลักสูตร งานพัฒนาผู้ปฏิบัติงานพัฒนาบุคลากร และปฏิบัติงานอื่นๆที่เกี่ยวข้องตามที่ได้รับมอบหมาย
4. วิทยาลัยการพัฒนาชุมชน
มีหน้าที่ความรับผิดชอบเกี่ยวกับ การดำเนินงานของโรงเรียนนักบริหารงานพัฒนาชุมชน โรงเรียนนักพัฒนาชุมชน ศูนย์ส่งเสริมความเป็นเลิศ (หลักสูตรเสริมสมรรถนะและหลักสูตรพิเศษ) และปฏิบัติงานอื่นๆที่เกี่ยวข้องตามที่ได้รับมอบหมาย
5. ศูนย์วิทยบริการ
มีหน้าที่ความรับผิดชอบเกี่ยวกับ งานฝึกอบรมผู้นำ อาสาสมัครและบุคลากรภายนอก งานฝึกอบรมหลักสูตรต่างประเทศ งานประชาสัมพันธ์หลักสูตรเพื่อส่งเสริมการตลาด และปฏิบัติงานอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้องตามที่ได้รับมอบหมาย
6. กลุ่มงานจัดการความรู้
มีหน้าที่ความรับผิดชอบเกี่ยวกับ งานบริการวิชาการ งานจัดการความรู้ งานผลิตและบริการสื่อ งานห้องสมุด งานเรียนรู้ทางไกลผ่านสื่อเอกสารอิเล็คทรอนิกส์ (E-Learning) และปฏิบัติงานอื่นๆ ที่เกี่ยวข้องตามที่ได้รับมอบหมาย
7. กลุ่มงานวิจัยและพัฒนา
มีหน้าที่ความรับผิดชอบเกี่ยวกับ งานวิจัยและพัฒนา งานวิจัยหลักสูตร งานให้คำปรึกษา และปฏิบัติงานอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้องตามที่ได้รับมอบหมาย
8. ศูนย์ศึกษาและพัฒนาชุมชน (11 ศูนย์)
มีหน้าที่รับผิดชอบงานวิจัยและพัฒนาเฉพาะพื้นที่และบริการให้คำปรึกษาด้านการพัฒนาชุมชน งานฝึกอบรมและบริหารงานฝึกอบรมที่เหมาะสมเฉพาะพื้นที่ งานสนับสนุนการจัดการความรู้ งานพัฒนาความเป็นเลิศทางวิชาการ เฉพาะด้านการพัฒนาชุมชน ประกอบด้วย
1) ศูนย์ศึกษาและพัฒนาชุมชนสระบุรี ตั้งอยู่เลขที่ 194-195 หมู่ที่ 9 ถ.มิตรภาพ ต.ทับกวาง อ.แก่งคอย จ.สระบุรี พื้นที่ให้บริการ 6 จังหวัด ประกอบด้วยจังหวัด ชัยนาท ลพบุรี สระบุรี สิงห์บุรี อ่างทองและสุพรรณบุรี
2) ศูนย์ศึกษาและพัฒนาชุมชนชลบุรี ตั้งอยู่เลขที่ ซอยสุขุมวิท - บ้านสวน 13 อำเภอเมือง จังหวัดชลบุรี พื้นที่ให้บริการ 7 จังหวัด ได้แก่ จันทบุรี ฉะเชิงเทรา ชลบุรี ตราด ระยอง สมุทรปราการ สระแก้ว
3) ศูนย์ศึกษาและพัฒนาชุมชนอุบลราชธานี ตั้งอยู่เลขที่ ถนนแจ้งสนิท ตำบลแจระแม อำเภอเมือง พื้นที่ให้บริการ 7 จังหวัด ได้แก่ จังหวัดอุบลราชธานี พื้นที่ให้บริการ 7 จังหวัด ได้แก่ นครพนม มุกดาหาร ยโสธร ร้อยเอ็ด ศรีสะเกษ อำนาจเจริญ อุบลราชธานี
4) ศูนย์ศึกษาและพัฒนาชุมชนอุดรธานี ตั้งอยู่เลขที่ อำเภอเพ็ญ จังหวัดอุดรธานี พื้นที่ให้บริการ 7 จังหวัด ได้แก่ กาฬสินธุ์ ขอนแก่น บึงกาฬ เลย สกลนคร หนองคาย หนองบัวลำภู
5) ศูนย์ศึกษาและพัฒนาชุมชนลำปาง ตั้งอยู่เลขที่ ถนนลำปาง - เชียงใหม่ ตำบลปงแสนทอง อำเภอเมือง จังหวัดลำปาง พื้นที่ให้บริการ 8 จังหวัด ได้แก่ เชียงราย เชียงใหม่ น่าน พะเยา แพร่ แม่ฮ่องสอน ลำปาง ลำพูน
6) ศูนย์ศึกษาและพัฒนาชุมชนพิษณุโลก ตั้งอยู่เลขที่ ถนนพิษณุโลก - หล่มสัก อำเภอวังทอง จังหวัดพิษณุโลก พื้นที่ให้บริการ 9 จังหวัด ได้แก่ กำแพงเพชร ตาก นครสวรรค์ พิจิตร พิษณุโลก เพชรบูรณ์ สุโขทัย อุตรดิตถ์ อุทัยธานี
7) ศูนย์ศึกษาและพัฒนาชุมชนเพชรบุรี ตั้งอยู่ที่ อำเภอชะอำ จังหวัดเพชรบุรี พื้นที่ให้บริการ 7 จังหวัด ได้แก่ กาญจนบุรี นครปฐม ประจวบคีรีขันธ์ เพชรบุรี ราชบุรี สมุทรสงคราม สมุทรสาคร
8) ศูนย์ศึกษาและพัฒนาชุมชนนครศรีธรรมราช ตั้งอยู่ที่ ตำบลหนองหงส์ อำเภอทุ่งสง จังหวัดนครศรีธรรมราช พื้นที่ให้บริการ 6 จังหวัด ได้แก่ กระบี่ ชุมพร นครศรีธรรมราช พังงา ระนอง สุราษฎร์ธานี
9) ศูนย์ศึกษาและพัฒนาชุมชนยะลา ตั้งอยู่ที่ ถนนสุขยางค์ ตำบลสะเตง อำเภอเมือง จังหวัดยะลา พื้นที่ให้บริการ 7 จังหวัด ได้แก่ ตรัง นราธิวาส ปัตตานี พัทลุง ยะลา สงขลา สตูล
10) ศูนย์ศึกษาและพัฒนาชุมชนนครนายก ตั้งอยู่ที่ ตำบลสาริกา อำเภอเมือง จังหวัดนครนายก พื้นที่ให้บริการ 5 จังหวัด ได้แก่ นครนายก นนทบุรี ปทุมธานี ปราจีนบุรี พระนครศรีอยุธยา
11) ศูนย์ศึกษาและพัฒนาชุมชนนครราชสีมา ตั้งอยู่ที่ ตำบลแหลมทอง อำเภอหนองบุญมาก จังหวัดนครราชสีมา 5 จังหวัด ได้แก่ ชัยภูมิ นครราชสีมา บุรีรัมย์ มหาสารคาม สุรินทร์